南京出口加工区内的企业应向检验检疫机构办理备案登记手续，或按有关规定办理注册登记手续。对应检货物，区内企业须向检验检疫机构申报或报检。海关凭出入境检验检疫机构出具的通关单验放。检验检疫机构对进、出加工区的应检货物应在加工区内实施检验检疫。

　　对从境外以直通式或转关运输方式进入加工区的货物、集装箱、运输工具，应当接受卫生检疫。对来自检疫传染病疫区的、被检疫传染病污染的以及可能传播检疫传染病或者发现与人类健康有关的啃齿动物和病媒昆虫的集装箱、货物、废旧物等物品以及运输工具实施卫生处理。

　　动植物及其产品和其他检疫物，装载动植物、动植物产品和其他检疫物的装载容器、集装箱、包装物、铺垫材料，以及来自动植物疫区的运输工具，应实施动植物检疫及检疫监督管理。

　　区内企业为加工出口产品所需的应检货物免予实施品质检验。但以废物作为原料的，按有关规定实施环保项目检验。

　　对从加工区出境的，属卫生检疫和动植检疫范围内的应检货物，按输入国家(或地区)要求和我国的有关规定实施检验检疫。对装运出境易腐烂变质的食品、冷冻品的集装箱应实施适载检验。

　　对区外运入加工区的任何货物，检验检疫机构不予检验检疫。加工区运往区外的应检货物，视同进口，属商品检验范围内的，须由检验检疫机构实施品质检验;属卫生检验范围内的，须同检验检疫机构实施食品卫生检验;属进口商品安全质量许可制度目录内的，需按进口商品安全质量许可制度的规定办理;属动植物检疫范围内的，不再实施动植物检疫;属卫生检疫范围内的，不再实施卫生检疫。从加工区运往区外的废料和旧机电产品，检验检疫机构按有关规定实施环保项目检验。

　　需要实施卫生注册登记和出口质量许可制度管理的企业，应按规定申请办理有关手续。从事食品、动植物产品的加工、存放场所应当符合食品卫生和动植物检疫的有关规定。